Den maten som inte har hunnit sönderdelas och absorberas, når tjocktarmen inom 2-7 timmar.
Det är ytterst en liten del av näringen som tas upp här. Det är främst salter och vatten som tas upp. Vatten absorberas i betydande mängder.
En viss nedbrytning av kostfibrer sker här med hjälp av miljarder bakterier som finns i tarmen och som ingår i tarmens bakterieflora. När dessa bryts ner bildas gaser från bakteriernas aktivitet. Dessa gaser är Co2, metan och vätgas.
Mjölksyrebakterier och kostfibrer verkar ha positiv effekt på bakteriesammansättningen. Tjocktarmen tar emot en till två liter nedbrytbara produkter varje dygn. De stannar i tjocktarmen tre till tio timmar. Med hjälp av vågrörelser som uppstår när tarmens muskulatur dras samman, transporteras de neråt i tarmen.
Ändtarmens nedersta del är vidgad och kan därför samla upp en del avföring innan tarmen måste tömmas. Runt ändtarmsöppningen finns två ringformade muskler, så kallade ringmuskler, varav den ena kan styras med hjälp av viljan. En reflex utlöses och leder till att tjocktarmen och ändtarmen dras samman för att pressa ut avföringen