Los alimentos que no han tenido tiempo de descomponerse y absorberse llegan al intestino grueso en un plazo de 2 a 7 horas.
En realidad, aquí solo se absorbe una parte muy pequeña de los nutrientes. Se absorben principalmente sales y agua. El agua se absorbe en cantidades considerables.
Aquí se produce una cierta descomposición de la fibra dietética gracias a los miles de millones de bacterias que se encuentran en el intestino y que forman parte de la flora intestinal. Al descomponerse, la actividad de estas bacterias genera gases. Estos gases son CO₂, metano e hidrógeno.
Las bacterias del ácido láctico y la fibra dietética parecen tener un efecto positivo en la composición de la flora bacteriana. El intestino grueso recibe entre uno y dos litros de materia digestible cada día. Esta permanece en el intestino grueso entre tres y diez horas. Gracias a los movimientos ondulantes que se producen cuando la musculatura intestinal se contrae, la materia se transporta hacia la parte inferior del intestino.
La parte inferior del recto es más ancha y, por lo tanto, puede acumular una parte de las heces antes de que sea necesario vaciar el intestino. Alrededor del orificio del recto hay dos músculos en forma de anillo, los llamados esfínteres, uno de los cuales se puede controlar de forma voluntaria. Se desencadena un reflejo que provoca la contracción del colon y del recto para expulsar las heces.